Cuando termina la instalación de Kaspersky Endpoint Security, se agrega un certificado de Kaspersky al repositorio de certificados de confianza del sistema (tienda de certificados de Windows). Kaspersky Endpoint Security utiliza este certificado para analizar conexiones cifradas. El uso de este repositorio también se habilita en Firefox y Thunderbird para que el tráfico de estas aplicaciones pueda analizarse.
Los componentes Control Web, Protección contra amenazas de correo, Protección contra amenazas web pueden descifrar y analizar el tráfico de red que se transmite sobre conexiones cifradas en las que se utilizan los siguientes protocolos: